首先，禁止网站下所有 .php 等文件均不允许被访问到。
在 nginx 网站配置文件中，include enable-php-**.conf; 上方插入：
location ~ ^/.*\.(php|php5|py|sh|bash|out)$ { deny all; }其中，^ 匹配开始，/.* 匹配所有目录和文件名，\.(php|php5|py|sh|bash|out) 匹配文件后缀名，$ 匹配结束。
即便如此，仍然忽略了 nginx 中 .php 文件名后加斜杠仍然能访问到的情况，譬如我们访问这个网址：
https://xoyozo.net/phpinfo.php/abc.htmlnginx 仍然运行了 phpinfo.php，给了后门可趁之机，所以改进为：
location ~ ^/.*\.(php|php5|py|sh|bash|out)(/.*)?$ { deny all; }Discuz! X3.4 需要写入权限的目录：
/自研目录/upload/
/config/
/data/
/uc_client/data/
/uc_server/data/
/source/plugin/
但，这些都不重要，我们已经禁止了所有目录的 .php 访问了。
第二步，解禁需要直接被访问到的文件路径。
Discuz! X3.4 根目录下的 .php 文件都是入口文件，需要能够被访问到：
/admin.php
/api.php
/connect.php
/forum.php
/group.php
/home.php
/index.php
/member.php
/misc.php
/plugin.php
/portal.php
/search.php其它目录中需要被直接访问到的文件：
/archiver/index.php
/m/index.php
/uc_server/admin.php
/uc_server/avatar.php
/uc_server/index.php部分插件文件需要能够被直接访问到：
/source/plugin/magmobileapi/magmobileapi.php
/source/plugin/smstong/accountinfo.php
/source/plugin/smstong/checkenv.php另外如果有自建目录需要有 .php 访问权限，那么也需要在此处加白，本文以 /_/ 目录为例
最终拼成：工具
location ~ ^(?:(?!(/admin\.php|/api\.php|/connect\.php|/forum\.php|/group\.php|/home\.php|/index\.php|/member\.php|/misc\.php|/plugin\.php|/portal\.php|/search\.php|/archiver/index\.php|/m/index\.php|/uc_server/admin\.php|/uc_server/avatar\.php|/uc_server/index\.php|/source/plugin/magmobileapi/magmobileapi\.php|/source/plugin/smstong/accountinfo\.php|/source/plugin/smstong/checkenv\.php|/_/.*\.php))/.*\.(php|php5|py|sh|bash|out)(/.*)?)$ { deny all; }这里用到正则表达式中的“不捕获”和“负向零宽断言”语法，格式为：
^(?:(?!(允许的目录或文件A|允许的目录或文件B))禁止的目录和文件)$值得注意的是，此句负向零宽断言中的匹配内容是匹配前缀的，也就是说
https://xoyozo.net/index.php
https://xoyozo.net/index.php/abc.html都可以访问到，而
https://xoyozo.net/forbidden.php
https://xoyozo.net/forbidden.php/abc.html都访问不到，这是符合需求的。
如果自建目录 /_/ 下有写入需求，单独禁止即可，以 /_/upload/ 为例：
location ~ ^/_/upload/.*\.(php|php5|py|sh|bash|out)(/.*)?$ { deny all; }ThinkPHP 网站有统一的访问入口，可按本文方法配置访问权限。
特别注意：上面的代码必须加在 PHP 引用配置（include enable-php-**.conf;）的上方才有效。
在网站开发过程中遇到上传图片等文件的功能，需要在服务器上设置该目录可写入，并且必须防止被上传 .php 等可执行的脚本文件。
根据文件所有者的不同，我们分两种情况讨论：
一、程序上传的用户与执行 PHP 的用户不同（例如程序代码通过 SSH 上传（root 用户），而 PHP 以 www 身份运行）
由于 Linux 上的文件默认权限是 644，目录默认权限是 755，所以在这种情况下，PHP 不能修改 root 上传的程序文件，也不能将客户端上传的图片文件保存到服务器上。
例如我们将客户端上传的文件指定到 /upload/ 目录，那么，
第 1 步，赋予它写入权限：
chmod 777 upload递归所有子目录请加 -R 参数，但会将文件也更改为 777，赋予了执行权限，这是不建议的。文件若需写入权限请设为 666。
第 2 步，设置该目录下不允许执行 PHP：
我们无法保证客户端上传完全符合我们要求的文件，那么必须禁止任何文件的执行权限。（此处指 PHP 的执行权限，注意与 sh 执行权限的区别，后者由 chmod 命令修改）
nginx 的 .conf 文件配置示例：
location ~ /upload/.*\.(php|php5)?$
{
deny all;
}Apache 的 .htaccess 文件配置示例：
RewriteRule upload/(.*).(php)$ – [F]特别注意：上面的代码必须加在 PHP 引用配置的上方才有效（如 nginx 的 PHP 引用配置 include enable-php-**.conf;）
默认 Linux 系统是大小写敏感的，所以规则中的正则表达式无须忽略大小写（但必须与实际的目录或文件名大小写一致），因为 MIME 类型中设置的是小写的 .php，那么类似大写的 .PHP 文件是不被 php-fpm 解释的，结果是被当作普通文本返回到客户端。
提问：有些目录需要设置为可写入，但里面还有正常的 php 文件，禁止执行会有问题吗？（例如 Discuz! 的 config 目录，ThinkPHP 的 Runtime 目录）
解答：以 Discuz! 为例，config 下面虽然有 config_*.php 等配置文件，但这些文件并非直接供客户端浏览，而是被其它 .php 文件引用（include 方式、IO 方式等），当 config 目录禁止执行 PHP 后并不会对它们造成影响。
我们在开发程序的过程中应避免在允许写入的目录下放置直接供客户端浏览的 .php 文件。
二、程序上传的用户与执行 PHP 的用户相同（例如程序代码通过 FTP 上传，且和 PHP 一样，都使用 www 用户）
常见于虚拟空间。这种情况下，通过 PHP 上传的文件可以保存到该网站下面的任何目录下（甚至是网站目录之外，即传说中的跨站），原因大家都懂，默认 755 中第一个是“7”，即所有者拥有写入权限。
因此，除了做到上述设置，我们必须严格控制客户端上传文件的保存路径，做到以下几点：
必须更改客户端上传的文件名，而非直接使用原文件名；
不得从客户端文件名获取扩展名，或者只控制允许的后缀名。
最可靠的文件类型判别方式是分析文件签名，参考：文件签名表，以防篡改后缀名欺骗。
举个早期的栗子：上传文件名为 abc.asp;.jpg，未改文件名保存到服务器，浏览器直接访问该文件，IIS 6 当作 abc.asp 来解析。
程序设计规范：
【推荐】上传的文件直接保存到文件存储服务（如阿里云 OSS），这样即使被上传了后门 shell，对网站服务器也不会有影响。
否则必须通过文件头来确定文件类型，检查文件十六进制的文件头和文件尾是否合法，并检查文件流中是否包含 php、evel 等字符。
不可直接使用客户端文件名来保存文件，特别是后缀名/扩展名。应生成随机文件名，并通过检验文件头来确定文件类型。必须由程序指定保存目录。
使用 OSS 的应直接上传，不要在 ECS 上临时存放或备份。如必须存放的，应按上述规范操作。
服务器安全设置
CentOS + nginx + PHP：
全站文件取消属性中的“执行”权限（chmod），因为这个“执行”与运行 PHP 无关。而需要上传文件的“目录”需要“执行”权限，原因是需要往该目录创建文件。
仅需要写入的目录或文件设置“写入”权限。如上传图片目录、ThinkPHP 的 Runtime 目录。
凡可写目录或文件均不允许运行 PHP / PY 等 除需要被直接访问的 PHP / PY 文件，其它动态文件均不允许被访问到，在 nginx 的配置文件中添加项，参：https://xoyozo.net/Blog/Details/nginx-location-if，若全站使用统一的入口文件访问，那么设置仅该文件允许运行 PHP 即可。通过 IO 方式被其它文件包含的文件，无需运行 PHP 权限。（“deny all”对 include 起作用，但对 IO 不起作用，因此 Runtime 目录可以继续为 ThinkPHP 提供缓存服务。）这一步非常有用。
使用与 nginx 网站用户不同的用户来部署网站文件，如宝塔面板 PHP 使用 www 用户，那么就使用 root 或其它新用户来上传文件，否则将导致全站目录和文件可写。有条件的建议不同网站使用不同的用户，可防止一个网站被入侵后导致其它网站文件或磁盘上的其它文件被泄露的风险（2022年10月2日从宝塔官方社区获悉，宝塔面板暂不支持使用非 www 用户创建并运行网站）。
Windows Server + IIS + ASP.NET：
配置每个磁盘的安全属性，拒绝“IIS_IUSRS”这个用户组的所有权限。只要设置驱动器即可，子文件夹和文件会自动继承。若运行 .NET Framework 项目，需要设置 C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v*.*.*****\Temporary ASP.NET Files\ 目录可修改写入权限，.NET Core 项目不需要此设置。
为每个网站创建一个新用户，仅隶属于“IIS_IUSRS”。网站根目录安全属性添加该用户，权限选择“读取”。（已测取消“读取与执行”不影响 PHP，“列出文件夹内容”视业务需求开启，建议关闭）。仅需要上传文件的目录或文件设置“修改”、“写入”权限。（修改对应修改文件，写入对应上传文件）
IIS 网站中设置“物理路径凭据”以及应用程序池的“标识”。
IIS 中设置写入目录的“处理程序映射”无脚本。
最小化安装 CentOS 6.4，配置网络
一条一条执行：
yum -y update
yum -y install wget
yum -y install vim
yum -y install screen
screen -S lnmp
安装 LNMP：http://lnmp.org/install.html
下载安装一条龙
不要升级各软件，以防不测
PHP 防跨站：执行一段命令，替换 vhost.sh 文件，以后添加网站就会自动添加 HOST 防跨站、跨目录的配置
更改数据库路径（/home/mysql/var）
http://bbs.vpser.net/thread-1558-1-1.html 第20条
端口（为了 pureftpd 能安装成功，还是不要改端口了）
防火墙加端口
vim /etc/sysconfig/iptables
service iptables restart
FreeTDS：使 php 支持 mssql
安装 PureFTPd
添加FTP用户时，UID和GID必须>1000，譬如添加一个xWeb组和用户：
groupadd -g 2000 xWeb
useradd -u 2000 -g xWeb -s /sbin/nologin -M userDefault
useradd -u 2001 -g xWeb -s /sbin/nologin -M userFang
useradd -u 2002 -g xWeb -s /sbin/nologin -M user2
useradd -u 2003 -g xWeb -s /sbin/nologin -M user3
然后 chown xUser:xWeb -R /home/wwwroot/网站目录
这样PHP木马就不能上传。非www用户每站一个，防止跨站
要写入的目录chown为www用户，这样PHP能创建目录及上传文件，允许公共写入，使FTP能操作写入（未验证PHP创建的新目录FTP有没有写入权限，即继承），所有要写入的目录必须 deny all
chown userFang:xWeb -R /home/wwwroot/fang.eyuyao.com/
chown www:www -R /home/wwwroot/fang.eyuyao.com/uploads/
chown www:www -R /home/wwwroot/fang.eyuyao.com/eyy/src/
chown www:www -R /home/wwwroot/fang.eyuyao.com/index/Runtime/
chown www:www -R /home/wwwroot/fang.eyuyao.com/admin/Runtime/
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#设置目录不允许执行PHP（其实是使符合正则的路径不可读）
#找到网站的 .conf 配置文件，在 location ~ .*\.(php|php5)?$ 的上面插入：
location ~ /upload/.*\.(php|php5)?$
{
deny all;
}
#支持 ThinkPHP（使用 rewrite）
location ~ /index\.php/.*$
{
if (!-e $request_filename) {
rewrite ^/index\.php(/.*)$ /index.php?s=$1 last;
break;
}
}
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重启 LNMP /root/lnmp restart
重启 MySQL /etc/init.d/mysql restart
重启 PureFTPd /root/pureftpd restart
查看 Nginx 版本 nginx -V
查看 MySQL 版本 mysql -V
查看 PNP 版本 php -v
查看 Apache 版本 httpd -v
查内存 cat /proc/meminfo
php.ini vim /usr/local/php/etc/php.ini
iptables 路径 /etc/sysconfig/iptables
MySQL 配置文件 vim /etc/my.cnf
添加网站 /root/vhost.sh
添加ProFTPd用户 /root/proftpd_vhost.sh
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遇到问题：
中文URL问题解决方案，FTP用强制UTF-8，单个文件传。否则在win下打包的zip在linux下解压后，编码不是utf-8，导致打开URL 404
能用记事本打开的文件若包含中文，应另存为 utf-8 编码。
ThinkPHP 项目修改配置文件后，必须删除 /index/Runtime/* 缓存文件！！！